Некоторые ограничения полноэкзомного секвенирования в сравнении с полным секвенированием генома:

• Невозможность покрыть 100% целевых участков. 1 Для достоверного обнаружения гетерозиготных вариантов необходимо обеспечить покрытие не менее 10х для 90% целевых участков. 1
• Частота ошибочно обнаруженных вариантов. 1 В среднем она составляет не больше 1%, но в отдельных участках может достигать 5%. 1
• Затруднённое или невозможное выявление некоторых типов вариантов. 1 К ним относятся структурные изменения хромосом, полиплоидии, анэуплоидии, варианты, ассоциированные с протяжёнными участками триплетных и других повторов, варианты в генах с наличием в геноме близкого по последовательности псевдогена или паралога, варианты в GC-богатых участках, варианты в интронах за пределами канонических сайтов сплайсинга, а также эпигенетические варианты. 1
• Ограниченная чувствительность в отношении вариантов в состоянии мозаицизма. 1

При этом у полноэкзомного секвенирования есть и преимущества: оно дешевле и надёжнее полногеномного, так как глубина прочтения увеличивается из-за меньшей длины общей последовательности, а выходные данные получаются меньше по объёму, поэтому их анализ проходит быстрее и проще. 5