Некоторые главные недостатки теории эволюции, которые подвергаются критике:

• Ненаблюдаемость процесса эволюции. 5 Критики утверждают, что методы эволюционной науки не проверяемы, а факты — недостоверны и спекулятивны. 1
• Религиозная сущность. 13 Противники теории считают, что эволюция — это религия, а не наука. 13
• Ошибочная теория пангенезиса Дарвина. 45 Учёный объяснил видообразование действием естественного отбора, ещё очень мало зная про механизмы наследственности. 4
• Неоднозначность определения эволюции. 1 Под термином «эволюция» понимают разные процессы в зависимости от области применения. 1
• Неоднородность летописи окаменелостей. 2 Для большинства видов летопись окаменелостей неоднородна, поэтому сроки устанавливаются не по первой окаменелости, а по косвенным данным. 2

Следует отметить, что это лишь некоторые из возможных недостатков теории эволюции, и у неё есть и другие аргументы в пользу её правильности.