Точные условия возникновения первоначального эндосимбиоза между альфа-протеобактерией и её хозяином неизвестны. 1 Для объяснения этого процесса выдвигались разные гипотезы, которые зачастую противоречат друг другу. 1

Некоторые из них:

• «Водородная гипотеза». 1 Предполагает, что движущей силой эндосимбиоза была метаболическая синтрофия между водорода-продуцирующими альфа-протеобактериями и водорода-зависимыми археонами. 1
• Гипотеза «поглотителя кислорода». 1 Предполагает, что к начальному симбиозу привело удаление токсичного кислорода альфа-протеобактериями из анаэробного хозяина. 1
• Гипотеза фагоцитоза. 3 Согласно ей, предки современных эукариот самостоятельно приобрели большинство признаков, свойственных эукариотам — цитоскелет, систему внутренних мембран и ядро. 3 Позже они захватили альфа-протеобактерию, то есть будущую митохондрию. 3

В результате симбиоза с альфа-протеобактерией образовалась «химерная» клетка, получившая возможность дышать кислородом и породившая новую ветвь эволюции, из которой возникли эукариоты. 34