Некоторые достижения Токтара Аубакирова в области космонавтики:

• Первый в СССР совершил беспосадочный полёт в район Северного полюса с двумя дозаправками в воздухе. 5
• 1 ноября 1989 года произвёл вторую в истории посадку и в тот же день — первый в истории отечественной авиации взлёт истребителя (МиГ-29К) с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси». 5 За этот уникальный взлёт Аубакиров был занесён в Книгу рекордов Гиннесса. 3
• Совершил космический полёт 2 октября 1991 года в составе экспедиции посещения на станцию «Мир». 1 Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 5
• Выполнил пять космических экспериментов с участием пяти институтов Академии наук Казахской ССР. 2 Они проводились в областях дистанционного зондирования Земли, материаловедения, космической медицины и биотехнологий. 2
• Стал научным руководителем четырёх казахстанских программ на борту орбитального комплекса «Мир» и МКС. 2

За достижения в области космонавтики Токтар Аубакиров получил, в частности, звания Героя Советского Союза, заслуженного лётчика-испытателя СССР, лётчика-космонавта СССР и Казахстана, Народного Героя Казахстана 145.