Значение бесчерепных в экосистеме морских вод заключается в следующем:

• Важное звено в цепи питания. 1 Бесчерепными питаются рыбы и ракообразные. 3
• Фильтрация морской воды. 1 Бесчерепные очищают воду от взвешенных в ней пищевых частиц органического происхождения. 2
• Переработка мёртвого органического вещества. 3 Бесчерепные являются редуцентами в структуре морских экосистем. 3
• Регуляция численности планктона. 1 Личинки бесчерепных являются планктоном в прибрежных зонах и открытом море. 2

Кроме того, в ряде стран ланцетники имеют практическое применение — их употребляют в пищу. 2