Происхождение слов на -ия в русском языке связано с тем, что в нём при произнесении гласных звуков «и» и «а» подряд интрузивный «й» так очевидно напрашивался, что вместе с «а» стал одной буквой — «я». 1

На -ия заканчиваются названия стран, регионов, городов, некоторые болезни, явления, научные дисциплины, многие женские имена и немногие архаичные мужские: Илия (Илья), Захария (Захар), Иосия (Иосиф). 1

Также есть версия, что окончание -ия имеет ивритское происхождение и заимствовано во все языки мира. 2 Оно означает какое-либо обобщение и стало типичным в названиях большинства стран Европы. 2