Структура центрального аппарата Министерства образования и науки Российской Федерации включает в себя: 2

• Руководство Министерства (министр, первый заместитель министра, статс-секретарь — заместитель министра, заместители министра). 2
• Помощников (советников) министра. 2 Они обеспечивают организационное обеспечение деятельности министра. 2
• Структурные подразделения — департаменты и самостоятельные отделы. 2 В департаментах центрального аппарата Министерства образуются отделы. 2

Некоторые департаменты, которые входят в структуру центрального аппарата:

• департамент стратегии, анализа и прогноза; 13
• департамент бухгалтерского учёта; 13
• департамент государственной политики в сфере подготовки рабочих кадров и ДПО; 13
• департамент государственной политики в сфере общего образования; 13
• департамент управления сетью подведомственных организаций; 13
• департамент управления делами; 13
• департамент государственной службы и кадров; 13
• международный департамент; 13
• департамент управления программами и конкурсных процедур; 13
• департамент государственной политики в сфере высшего образования; 13
• департамент государственной политики в сфере защиты прав детей; 13
• департамент государственной политики в сфере воспитания детей и молодёжи; 13
• департамент подготовки и аттестации научных и научно-педагогических работников; 13
• департамент науки и технологий; 13
• департамент научно-технических программ; 13
• департамент информационной политики; 13
• правовой департамент; 13
• департамент финансов, организации бюджетного процесса, методологии и экономики образования и науки; 13
• департамент контрольно-ревизионной деятельности и профилактики правонарушений. 13