Зоопланктон играет ключевую роль в биогеохимических циклах океана, в частности в круговороте углерода. 14

Некоторые аспекты роли зоопланктона:

• Участие в «биологическом насосе». 1 Поедая фитопланктон, зоопланктон накапливает углерод в своих телах. 1 Экскременты и мёртвые организмы опускаются на дно, увлекая за собой углерод. 1 Ежегодно таким образом захоранивается около 2–3 млрд тонн CO₂. 1
• Формирование и регулирование вертикального потока органического вещества. 3 Это происходит за счёт продукции быстро тонущих фекальных пеллет, яиц, экзувиев, а также в результате погружения на дно остатков организмов после гибели. 3
• Связующее звено в пищевой цепи. 1 Зоопланктон потребляет фитопланктон и бактерий, передавая энергию рыбам, китам и даже птицам. 1
• Биоиндикатор состояния окружающей среды. 1 Изменения в составе зоопланктона отражают состояние окружающей среды, включая загрязнение и температурные аномалии. 1