Роль топоизомераз в регуляции экспрессии генов заключается в контроле уровня суперскрученности ДНК, который может изменяться в процессе её репликации, транскрипции, гомологичной рекомбинации, а также во время перестроек хроматина. 4

Например, топоизомераза II бета (topo IIβ) играет регуляторную роль в транскрипции генов. 2 Её зависимые разрывы двухцепочечной ДНК и компоненты механизма репарации повреждений ДНК важны для быстрой экспрессии непосредственных ранних генов, а также для регуляции генов, реагирующих на сигнал. 2 Также topo IIβ вместе с другими ассоциированными ферментами важен для высвобождения приостановленной РНК-полимеразы в генах с высокой транскрибируемостью или длинными генами. 2