Роль синаптонемного комплекса в формировании бивалентов заключается в том, что он обеспечивает скрепление хромосом во время мейоза, когда они движутся, чтобы достаточно сблизить и скрепить соответствующие участки, подвергающиеся рекомбинации. 13

Синаптонемный комплекс состоит из белка ZIP1 или ZYP1 (в зависимости от вида) и необходим для процесса рекомбинации. 15

Также он препятствует необратимому слипанию конъюгирующих хромосом и закрепляет их в строго гомологичном относительно локализованных в них генах взаиморасположении. 4

После рекомбинации синаптонемальный комплекс начинает разрушаться, и два компонента каждого бивалента начинают отделиться друг от друга. 5