Роль инверсий в эволюции и видообразовании заключается в следующем:

• Затруднение рекомбинации. 3 Инверсии затрудняют обмен участками гомологичных хромосом при мейозе. 3
• Сглаживание вредных последствий межвидовой гибридизации. 3 Благодаря инверсиям гибридное потомство реже получает конфликтующие комбинации генов. 3
• Препятствие обратному слиянию недавно разделившихся видов. 3 Это помогает им сохранять свою идентичность даже в условиях частой гибридизации. 3

Кроме того, изменение порядка генов, к которому приводит инверсия, может иметь сильный генетический эффект, вплоть до видообразования. 1 Например, две морфологически сходные расы дрозофил вида D. pseudoobscura, взятые из географически удалённых популяций, не скрещиваются между собой и отличаются несколькими инверсиями. 1