Роль головохордовых в экосистеме морских шельфовых вод заключается в фильтровании пищи. 15 Они питаются планктоном и детритом, всасывая через ротовое отверстие воду с пищевыми частицами. 5

Головохордовые обычно зарываются в субстрат и располагают рот над поверхностью песка. 2 Во время кормления похожие на щупальца усики вокруг рта образуют сетку, которая удерживает песок и другие крупные частицы. 2

Также личинки головохордовых, которые развиваются из оплодотворённого яйца, выполняют функцию расселения вида. 4 Они очень подвижны, активно питаются и переплывают на короткое расстояние, чтобы снова зарыться в песок. 4