Амебы играют важную роль в природе и экосистеме, в частности:

• Участие в пищевых цепях. 3 Амебы потребляют бактерии и органические остатки, контролируя их численность и обеспечивая очищение водоёмов. 3
• Источник питания. 34 Амебы входят в состав планктона и служат пищей для более крупных обитателей водоёмов: мальков рыб, червей, моллюсков, мелких ракообразных. 4
• Поддержание плодородности почвы. 1 Амебы, обитающие в почве, вместе с другими почвенными обитателями обеспечивают поддержание плодородности почвы и принимают участие в почвообразовании. 1
• Образование осадочных пород. 3 Отмирая, амебы с жёсткими оболочками образуют на дне океана отложения, которые со временем превращаются в осадочные породы, например, мел и известняк. 3

Однако некоторые амебы могут быть опасны для человека и животных, вызывая серьёзные заболевания. 3 Например, дизентерийная амеба вызывает амёбную дизентерию, поражая толстый кишечник. 3