Максимальная достоверность моделирования взаимодействия лиганда с рецептором методом молекулярной динамики зависит от нескольких факторов:

• Длина молекулярной траектории. 2 Временной шаг симуляции должен быть сопоставим с самыми быстрыми движениями в системе, а именно колебаниями связей (1–2 фс). 2 Для моделирования медленных процессов, например движения больших доменов и связывания, требуется большое число шагов, что значительно увеличивает объём вычислений. 2
• Использование точно вычисленных зарядов атомов. 5 Для корректных расчётов заряды могут быть рассчитаны квантово-химическими методами или одним из упрощённых методов расчёта заряда. 5
• Применение методов глубокого обучения. 24 Например, обучение нейросети Pafnucy на основе набора комплексов лиганд–рецептор PDBbind2020 позволило увеличить точность предсказаний энергий до r = 0,8 и 0,82 для рецепторов CD206 и ConA соответственно. 4

Таким образом, максимальная достоверность моделирования зависит от конкретных условий и возможностей метода.