Какова максимальная достоверность моделирования взаимодействия лиганда с рецептором методом молекулярной динамики?

Максимальная достоверность моделирования взаимодействия лиганда с рецептором методом молекулярной динамики зависит от нескольких факторов:

• Длина молекулярной траектории. cyberleninka.ru Временной шаг симуляции должен быть сопоставим с самыми быстрыми движениями в системе, а именно колебаниями связей (1–2 фс). cyberleninka.ru Для моделирования медленных процессов, например движения больших доменов и связывания, требуется большое число шагов, что значительно увеличивает объём вычислений. cyberleninka.ru
• Использование точно вычисленных зарядов атомов. bukbook.ru Для корректных расчётов заряды могут быть рассчитаны квантово-химическими методами или одним из упрощённых методов расчёта заряда. bukbook.ru
• Применение методов глубокого обучения. cyberleninka.ru biochemistrymoscow.com Например, обучение нейросети Pafnucy на основе набора комплексов лиганд–рецептор PDBbind2020 позволило увеличить точность предсказаний энергий до r = 0,8 и 0,82 для рецепторов CD206 и ConA соответственно. biochemistrymoscow.com

Таким образом, максимальная достоверность моделирования зависит от конкретных условий и возможностей метода.