Научная классификация рачков рода дафния (Daphnia) в современной биологии включает следующие уровни: 1

1. Домен: Эукариоты. 1
2. Царство: Животные. 1
3. Подцарство: Эуметазои. 1
4. Тип: Членистоногие. 1
5. Подтип: Ракообразные. 1
6. Класс: Жаброногие. 1
7. Подкласс: Diplostraca. 1
8. Надотряд: Ветвистоусые (Cladocera). 1
9. Отряд: Anomopoda. 1
10. Семейство: Дафниевые. 1

Дафнии — один из наиболее крупных (более 50 валидных видов в мировой фауне) и сложных для систематики родов ветвистоусых. 1

Большинство систематиков признают деление этого рода на два подрода: 2

1. Daphnia (Daphnia). 2 Отсутствует выемка головного щита, яйцевые камеры эфиппиума обычно почти перпендикулярны спинному краю створок. 2
2. Daphnia (Ctenodaphnia). 2 Выемка головного щита имеется, яйцевые камеры эфиппиума обычно почти параллельны спинному краю створок. 2