Экологическая роль гребневиков в морских экосистемах заключается в том, что они выступают в роли стабилизаторов, регулируя численность зоопланктона. 12

Однако обильное поглощение питательных веществ гребневиками может привести к нарушению экосистемы морей. 3 Например, уничтожается икра, из-за чего снижается популяция рыбы, а также уменьшается количество планктона, которым питаются и другие виды морских животных. 3

Кроме того, обитание гребневиков преимущественно в прибрежных зонах мешает рыболовству (они попадают в сети в больших количествах). 3

Наиболее известной экологической катастрофой, связанной с гребневиками, стала инвазия вида Mnemiopsis leidyi, завезённого кораблями вместе с балластными водами в экосистемы Чёрного и Азовского морей в 1980-х годах. 12 Этот вид нанёс большой урон, пожирая как зоопланктон, так и икру местных рыб. 1