Принцип работы метода Strand-cell заключается в том, что он позволяет различать индивидуальные гомологи внутри клетки, ограничивая анализ последовательности до матричных цепей ДНК, используемых во время репликации ДНК. 35

На выходе метода Strand-cell получаются данные, которые содержат информацию о направлении ДНК, что помогает разрешить размещение контигов. 8 Контиги, присутствующие в одной и той же хромосоме, будут иметь одинаковое направление, если не произошло событий SCE. 8 Контиги, присутствующие в разных хромосомах, будут иметь одинаковое направление только в 50% библиотек Strand-cell. 8

Интерпретация данных заключается в том, что по ним можно построить гаплотипы полной длины хромосом, определив, какие спейсеры принадлежат одной и той же хромосоме, и установив их правильный порядок и ориентацию. 59