Зигомицеты играют важную роль в почвообразовании и круговороте веществ в природе. 23

Эти грибы, в основном сапротрофы, разлагают органические вещества на простейшие неорганические элементы. 3 Они имеют большое значение в процессе образования гумуса (перегноя). 3

Также зигомицеты принимают активное участие в круговороте органических веществ в почвенных горизонтах. 5 Благоприятными субстратами для них являются отмершие растительные остатки, унавоженные пахотные почвы. 5

Кроме того, зигомицеты используются как продуценты полезных веществ, применяемых в медицине и народном хозяйстве, например, фумаровой кислоты, спиртов, бета-каротина и других видов медицинских препаратов. 34