Саркодовые и жгутиковые играют важную роль в экосистеме, выполняя различные функции. 13

Саркодовые выступают как компоненты биоценоза в цепях питания. 1 Они потребляют разлагающуюся органику, бактерий и других простейших, сами служат пищей для водных беспозвоночных. 1 Некоторые группы саркодовых (фораминиферы, радиолярии) с плотной раковиной из извести или кремнезёма участвуют в образовании осадочных (известняки, мел, кремень, трепел, радиолярит) и метаморфических (кварц, яшмы, халцедоны) пород. 1

Жгутиковые также важны как компоненты биоценозов. 1 Свободноживущие авто- и миксотрофные жгутиковые являются начальными звеньями пищевых цепей. 1 Образуемый ими в ходе фотосинтеза кислород насыщает водную среду и используется для дыхания гидробионтов. 1 Некоторые жгутиковые являются кишечными симбионтами насекомых (термитов, тараканов) и способствуют перевариванию клетчатки (целлюлозы). 1

Кроме того, паразитические простейшие представляют собой важный фактор естественного отбора, регулирующий численность других видов животных и растений. 3

Таким образом, саркодовые и жгутиковые участвуют в круговороте веществ в биосфере и являются значимыми элементами экосистемы. 3