Значение рифтов Восточной Африки для тектоники материка заключается в том, что они являются дивергентными (раздвиговыми) границами литосферных плит. 1 В южной части рифтовая система является границей между Африканской плитой и откалывающейся от неё Сомалийской плитой, а в северной — между Африканской и уже отколовшейся Аравийской плитами. 1

В пределах Восточно-Африканской рифтовой системы прослеживаются все стадии образования нового океана. 1 Отдельные трещины постепенно расширились и заполнились водой, образовались глубокие и вытянутые озёра: Танганьика, Ньяса, Рудольф, Эдуард, Альберт. 2

Также этот регион важен для понимания корней человеческой эволюции. 4 В пределах рифта обнаружено много ископаемых останков гоминидов, и считается, что эволюция рифта сыграла ключевую роль в формировании человека. 4