Протисты играют ключевую роль в биогеохимических циклах и пищевых цепях экосистем. 1

В биогеохимических циклах протисты участвуют в круговороте веществ, обеспечивая баланс элементов в экосистемах. 15 Например, в водоёмах они питаются бактериями и гниющими органическими остатками, очищая воду. 3 Обитатели толщи воды океанов (фораминиферы, радиолярии, кокколиты), отмирая, образуют на дне мощные отложения известковых и кремниевых пород, входящих в состав земной коры. 3

В пищевых цепях протисты выступают ключевыми участниками. 1 Они могут выполнять роль продуцентов или консументов. 2 Продуценты синтезируют органические вещества из простых неорганических соединений с помощью хемо- и фотосинтеза, а консументы потребляют эти вещества. 2 Например, простейшие составляют часть зоопланктона и являются важной пищей для животных, живущих в водоёмах. 2