Микроорганизмы имеют следующее значение в процессе формирования почвенного воздуха:

• Дыхание микроорганизмов приводит к тому, что почвенный воздух обычно богаче углекислым газом и беднее кислородом. 1 Это объясняется непрерывным поступлением кислорода, необходимого для дыхания почвенной фауны и флоры, и образованием углекислоты как следствия процессов окисления органического вещества почвы и активной жизнедеятельности почвенных организмов. 2
• Микроорганизмы являются основными потребителями кислорода в почве, для их жизнедеятельности необходим кислород. 14
• Анаэробные микроорганизмы способны по пищевым цепям «поднимать» необходимые растениям микроэлементы из глубинных слоёв почвы. 4

Кроме того, микроорганизмы разлагают органические остатки на более простые минеральные и органические соединения, а также участвуют в синтезе высокомолекулярных соединений — перегнойных кислот, которые образуют запас питательных веществ в почве. 34