Значение ланцетников в современной науке заключается в том, что они служат модельным объектом для изучения эволюционного происхождения позвоночных. 15 Исследование их внутреннего и внешнего строения, а также индивидуального развития и образа жизни позволяет понять эволюционную историю позвоночных животных и человека. 2

Расшифровка генома ланцетника, законченная в 2008 году, подтвердила близость этих животных к общему предку позвоночных, а также позволила уточнить эволюционное дерево вторичноротых в целом. 2

Кроме того, эмбриональное развитие ланцетников используется во многих учебниках и пособиях в качестве примера для описания эмбриогенеза хордовых, так как представляет собой упрощённую схему развития всех высших хордовых. 2