Значение хемотрофных организмов в экологии пещерных экосистем заключается в том, что они отвечают за хемосинтез и делают глубинные экосистемы автономными — независимыми от аллохтонной органики, поступающей извне. 3

Кроме того, бактерии, к которым относятся и хемотрофы, участвуют в геохимических преобразованиях окружающей среды: коррозии горных пород и последующем отложении минеральных образований. 1

Также хемотрофы являются основой биома в изолированной от внешнего мира пещере Мовиле. 4

Например, экосистема пещеры Аялон послужила основой создания теории о существовании глобальной подземной биосферы, основанной на хемосинтезе и независимой от внешней поверхностной фотосинтезирующей биосферы. 3