Харовые водоросли имеют большое значение для стратиграфии континентальных отложений. 3 Их обызвествлённые органы плодоношения, которые хорошо сохраняются в ископаемом виде, могут быть выделены из керна скважин и служить руководящими ископаемыми. 3

Особенно успешно харовые водоросли используются для стратиграфии континентальных отложений триаса, в которых иногда нет других фоссилий. 2 Также они применяются при изучении осадков пресноводных или опресненных бассейнов, бедных остатками организмов. 3

Кроме того, исследование харовых водорослей интересно тем, что они могут служить индикаторами обстановок при палеолимнологических реконструкциях. 5

Ещё харовые водоросли учитываются при комплексной оценке экологического состояния водоёмов, так как они хорошие индикаторы чистоты воды. 5