Гидрофобные взаимодействия в структуре нуклеиновых кислот имеют важное значение, в частности:

• Стабилизируют макромолекулы. 2 Гидрофобные взаимодействия обеспечивают пространственную ориентацию молекулы биополимера. 2
• Поддерживают пространственное строение двойной спирали. 1 Молекула принимает максимально компактную структуру, чтобы уменьшить поверхность контакта с водой, и направляет гидрофобные гетероциклические основания вовнутрь спирали. 1
• Помогают в образовании компактной структуры. 1 Например, молекула РНК сворачивается сама на себя и скручивается в компактную структуру благодаря взаимодействию боковых групп (азотистых оснований) друг с другом, а также с остатками фосфорной кислоты и гидроксилами сахарофосфатного остова. 1

Таким образом, гидрофобные взаимодействия играют значимую роль в организации структуры нуклеиновых кислот и поддержании их компактного строения.