Филэмбриогенезы имеют большое значение для эволюции животных, так как они представляют собой эволюционное изменение хода индивидуального развития организмов. 23

Посредством филэмбриогенеза могут происходить филогенетические изменения как взрослого организма, так и промежуточных стадий его развития. 2 При этом может происходить как прогрессивное развитие (путём усложнения строения и функций организмов), так и регрессивное (путём упрощения строения и функций организмов вследствие приспособления их к новым, менее разнообразным условиям существования). 2

Например, к филэмбриогенезам относится выход живых существ из воды на сушу, когда новые признаки, изменяющие направления эволюции, появились у эмбрионов на различных стадиях развития: ранних, средних и поздних. 5