Чистые линии имеют большое значение в современной селекции и исследованиях. 4

В селекции чистые линии позволяют создавать новые сорта растений и породы животных с заданными свойствами. 4 Например, с их помощью получают рекомбинантные ДНК и моноклональные антитела. 4

В исследованиях чистые линии животных (в первую очередь крыс и мышей) и растений повышают воспроизводимость результатов. 1 Генетическая однородность используемых учёными организмов снижает вероятность воздействия на результат исследования генетических различий между особями (например, в контрольной и опытной группе). 1

Также чистые линии обеспечивают постоянные популяции, позволяющие проводить фенотипирование признаков одних и тех же генотипов в разное время и при различных условиях окружающей среды. 3