Бациллы имеют важное значение в биотехнологии, например:

• Производство ферментов. 14 Бактерии Bacillus subtilis служат источником амилаз и протеиназ и используются в производстве, в том числе стиральных порошков. 1
• Биозащита растений. 1 Бактерии Bacillus thuringiensis и синтезируемые ими Cry-токсины применяются в биозащите растений в качестве альтернативы синтетическим инсектицидам. 1
• Генная инженерия. 1 Бациллы используются в качестве хозяев для клонирования ДНК. 1
• Разрушение силикатов и апатитов. 1 Бактерии Bacillus mucilaginosus участвуют в этом процессе, за что их назвали силикатными бактериями. 1

Также бациллы используются для производства вакцин, антибиотиков, пробиотиков, аминокислот и витаминов. 23