Автотрофные бактерии имеют следующее значение в экосистемах горячих источников и глубоководных желобов:

• В горячих источниках бактерии используют химическую энергию, содержащуюся в минералах из воды источника, для получения питательных веществ. 1 Например, факультативно автотрофная анаэробная гипертермофильная бактерия Caldimicrobium rimae способна фиксировать углекислоту за счёт окисления водорода. 2
• В глубоководных желобах автотрофные бактерии служат источником энергии для всей экосистемы. 3 Соединения, такие как сероводород, которые вытекают из вентиляционных отверстий из недр Земли, используются бактериями для получения энергии для производства пищи. 1 Например, глубоководные черви вестиментиферы могут существовать только в симбиозе с автотрофными бактериями, которые производят органическое вещество из CO2, используя энергию восстановленных соединений серы. 4