Значение синапсиса в эволюции и селекции растений заключается в следующем:

В эволюции синапсис стимулирует рекомбинацию между гомологами, что способствует генетической изменчивости и даёт материал для естественного отбора. 34 Повторяющаяся в поколениях рекомбинация позволяет генам перемещаться независимо друг от друга, что в ряду поколений повышает количество полезных генов и уменьшает — вредных. 5

В селекции управление гомеологичным синапсисом в мейозе используется как основной метод получения рекомбинантных форм при отдалённой гибридизации. 1 Например, благодаря этому методу в селекции пшеницы можно переносить гены от дикорастущих сородичей в геном культуры, что помогает создавать высокопродуктивные сорта и гибриды. 1