Значение шизогонии для медицины заключается в том, что она увеличивает число особей паразита в организме хозяина. 4 Например, благодаря шизогонии количество паразитов резко возрастает, если животное проглотит даже небольшое количество ооцист. 4

В экологии значение шизогонии заключается в том, что взаимоотношения между популяциями хозяев и паразитов в условиях конкретных биогеоценозов способствуют их устойчивости и одновременно выступают как фактор естественного отбора, снижая неспецифический генетический груз популяции хозяина. 5 Например, самые патогенные паразиты, вызывающие гибель большого числа особей хозяев, выступают как стабилизаторы численности хозяев, избыток которой мог бы привести к нарушению экологического баланса. 5

Таким образом, шизогония играет важную роль в поддержании экологического равновесия и стабильности биогеоценозов.