Протеолиз имеет большое значение в формировании протеомов млекопитающих. 15 Вот некоторые функции этого процесса:

• Обеспечение организма аминокислотами. 1 Пищеварительные ферменты расщепляют белки в пище, чтобы обеспечить организм аминокислотами. 1
• Производство активных белков. 1 Протеолитическая обработка полипептидной цепи после её синтеза необходима для производства активного белка. 1
• Регуляция физиологических и клеточных процессов. 1 Протеолиз участвует в регуляции многих клеточных процессов путём активации или деактивации ферментов, факторов транскрипции и рецепторов. 1
• Предотвращение накопления нежелательных или неправильно свёрнутых белков в клетках. 1 Внутриклеточная деградация белка удаляет повреждённые и аномальные белки и предотвращает их накопление. 1