Значение молекулярной систематики в современной биологии заключается в следующем:

• Более точное установление хода эволюции. 2 Молекулярная систематика позволяет определить, как и в какое время одни группы животных подразделялись на другие, насколько они родственны друг другу в данный момент времени. 2
• Ускорение описания видов. 3 Молекулярные данные часто бывают единственной возможностью для исследователей дать какое-либо описание, что особенно актуально для вымерших организмов. 3
• Проверка гипотез и оценка эволюционных процессов. 1 Молекулярная систематика обеспечивает мощную статистическую основу для этого, включая оценку времени расхождения между таксонами. 1
• Идентификация видов с помощью ДНК-штрихкодирования. 3 Это позволяет быстро, надёжно, автоматически и экономично идентифицировать вид путём сравнения неизвестных последовательностей со штрих-кодами ДНК известных видов. 3