Значение мерцательного эпителия в защите беспозвоночных от внешней среды заключается в том, что он обеспечивает перемещение различных веществ. 34

Например, в дыхательных путях реснички перемещают слизь вверх, в горло, что облегчает заглатывание твёрдой пищи. 3 Слизь также задерживает бактерии, пыль и другие мелкие частицы, препятствуя их попаданию в лёгкие. 3

Кроме того, вызываемые мерцательным эпителием токи воды облегчают дыхание и удаление экскретов, обновляя воду около поверхности тела. 2 Также они очищают поверхность тела от оседающих из воды на неё частиц. 2

Ещё одна защитная функция мерцательного эпителия — защита от врагов-хищников благодаря специальным примесям в слизи, которая имеет специальные железы в своём составе. 1