Лизогения имеет важное значение для эволюции как бактерий, так и бактериофагов. 1

Для бактерий лизогения позволяет получать в составе профага ранее утраченные или новые гены. 1 Наличие профага может придавать клетке определённые селективные преимущества, в том числе патогенные и вирулентные свойства. 1

Для бактериофагов лизогения обеспечивает длительную эволюцию путём накопления мутаций, рекомбинации с другими генетическими элементами или захвата прилежащих бактериальных генов. 1

Кроме того, лизогения обеспечивает сохранение и распространение популяции фагов в природе, защищает бактерии от лизиса вирулентными фагами. 2