Значение кроссинговера для генетической рекомбинации заключается в увеличении комбинативной изменчивости, которая даёт материал для естественного отбора. 14

При кроссинговере гомологичные хромосомы обмениваются участками, в результате образуются новые хромосомы, содержащие гены отцовских и материнских хромосом. 2 Аллели, входящие в группу сцепления, у родительских особей разделяются, образуют новые комбинации генетического материала, которые попадают в гаметы. 2

Благодаря генетической рекомбинации создаются условия для образования новых комбинаций генов и обеспечивается более высокая жизнеспособность организмов в ходе эволюции. 1

Также процент кроссинговера учитывается при составлении генетических карт хромосом, с нанесённым на них относительным расстоянием между генами. 1