Значение Ильменского заповедника для научного сообщества заключается в том, что он служит региональной базой для биологических и экологических мониторинговых исследований. 3 В результате многолетних наблюдений здесь накоплен уникальный материал по птицам Южного Урала, проведена классификация ветлендов, впервые изучена фауна рукокрылых и флора мхов Южного Урала. 3

В области геологии и минералогии Ильменский заповедник также имеет важное значение. 3 На его территории расположено около 400 копей, учёными определено более 70 горных пород, 268 минеральных видов, из которых 18 являются новыми для науки. 3 На основе геолого-минералогических лабораторий заповедника в 1988 году был создан Институт минералогии Российской Академии наук. 3

Кроме того, музей заповедника — один из крупнейших хранилищ минералов и горных пород в Урало-Сибирском регионе. 2 Он является крупным региональным центром просвещения в области естественных наук. 2