Горизонтальный перенос генов имеет важное значение для эволюции живых организмов, поскольку позволяет им развиваться быстрее. 14

Некоторые преимущества такого процесса:

• Заимствование полезных признаков. 3 Любое «удачное изобретение» одного из видов становится доступным и может быть заимствовано другими. 3 Например, кофейный жук-мотылёк получил уникальный ген, который помогает ему расщеплять галактоманнан и переваривать кофейные зёрна. 14
• Ускорение прогрессивной эволюции. 3 Вся биота превращается в единую «лабораторию» по изобретению новых полезных наследственных признаков. 3
• Стирание границ между видами. 2 Вместо ветвящегося эволюционного древа возникает концепция «эволюционной сети». 2 Более или менее стабильной эволюционной единицей становится не отдельный вид, а квазивид — набор нескольких линий, генетически взаимодействующих и поддерживающих друг друга. 2

Для высших многоклеточных организмов процесс горизонтального переноса генов не слишком активен, но для простейших форм жизни он становится важнейшим фактором, определяющим их эволюцию. 2