Гаплоидность имеет следующее значение для эволюции и генетического разнообразия видов:

• Играет ключевую роль в процессах полового размножения и генетической рекомбинации. 1 При слиянии гаплоидных гамет образуется диплоидная зигота, что является основой для генетического разнообразия потомства. 1
• Способствует возникновению новых комбинаций генов. 4 Это происходит в процессе мейоза, который имеет место в ходе образования гаплоидных клеток — спор или гамет. 4 Таким образом, хромосомы детей, как правило, не идентичны хромосомам родителей — они содержат другие комбинации аллелей (вариантов генов). 4

Однако в наземных условиях диплоидные организмы имеют большие преимущества перед гаплоидными. 5 Условия жизни на суше более изменчивы, чем в воде, и диплоидные организмы имеют возможность сохранять в своём генофонде редкие рецессивные мутации и в связи с этим обладают значительным генным полиморфизмом. 5 Гаплоидные организмы не имеют возможности сохранить в рецессивном состоянии неблагоприятные в данный момент мутации, которые могли бы быть полезными в случае изменения условий окружающей среды. 5