Значение электронного микроскопа в современной науке и технике заключается в следующем:

• Биология и медицина. 12 При помощи электронного микроскопа можно осуществить томографию тканей, детально рассмотреть клетки, определить локализацию белков, увидеть вирус и даже выполнить фармацевтический контроль качества. 1
• Физика, химия и кристаллография. 1 Электронный микроскоп позволяет изучить микроструктуры металлов и кристаллов вещества, классифицировать материалы, тестировать характеристики различных веществ, определять состав, поверхность и плотность объектов. 1
• Полупроводники и хранение данных. 1 С помощью электронного микроскопа выявляются и редактируются неисправности систем, выполняется анализ дефектов. 1
• Промышленность. 1 Электронный микроскоп помогает определять параметры частиц и целых структур, позволяет в динамике посмотреть на материалы в высоком разрешении. 1 При необходимости даёт возможность построения трёхмерной модели микроструктуры. 1