Цитоплазматическая изменчивость имеет следующее значение в селекции растений:

• Поставляет богатый материал для селекции и естественного отбора. 5 Цитоплазматическая изменчивость, наряду с ядерной, считается одним из основных источников и движущих сил эволюции видов. 3
• Позволяет прогнозировать потенциальную урожайность гибридов и сортов. 3 Сопряжённость изменчивости ультраструктуры хлоропластов и митохондрий с изменениями элементов продуктивности растений может быть использована для разработки способов прогнозирования. 3
• Даёт возможность улучшать уже имеющиеся сорта. 3 Положительные эффекты замещённых цитоплазм сортообразцов у пшеницы и ячменя позволяют использовать методы замещения хромосом. 3
• Даёт теоретическую основу для разработки методов селекции. 3 Эффекты цитоплазм создают теоретическую основу для разработки методов селекции, основанных на использовании идентифицированных плазматипов для направленного изменения частоты определённых генотипов или рекомбинантов в гибридных популяциях растений. 3

Также в селекции растений широко используются цитоплазматико-генетические системы мужской стерильности для гибридной селекции и поддержания гибридных линий. 1 Это позволяет избежать необходимости кастрации у перекрёстноопыляемых видов, тем самым поощряя скрещивание, дающее только гибридные семена в естественных условиях. 1