Значение ценогенеза в эволюционной биологии заключается в том, что он вносит в эмбриональное развитие характеристики или структуры, не присутствующие ранее в истории эволюции вида или более крупной систематической группы. 23

Например, к ценогенезу относят появление плаценты у млекопитающих. 23

Наличие ценогенезов — одна из причин нарушений принципа рекапитуляции, лежащего в основе биогенетического закона Эрнста Геккеля. 2 Геккель рассматривал ценогенезы как приспособление организма к особым условиям индивидуального развития. 2 Другие исследователи, такие как Вильгельм Гис, наоборот, видят в изменениях в эмбриональном развитии основу для изменений во взрослом организме. 2

Также ценогенез «облегчил» жизнь личинок и эмбрионов в ходе эволюции, поэтому сложно проследить развитие филогенеза по эмбриологическому развитию. 1