Микроорганизмы оказывают следующее влияние на образование угольных пластов: перерабатывают метоксильные группы угля, преобразуя при этом сам уголь и попутно производя метан. 14

Уголь образуется, когда растительный материал в заболоченных лесах попадает в воду и быстро захоранивается. 1 В поровых пространствах между пластами угля обитают анаэробные микробы, которые производят специальные ферменты, отрывающие метоксильные группы с образованием метана. 1

Согласно В. О. Таусону, образование углей и торфа происходит в две стадии: 5

1. Первая — период быстрого разложения нестойких веществ растительных остатков и накопление устойчивых соединений типа лигнина, кутина и др. — проходит под действием микроорганизмов. 5
2. Вторая — период медленного превращения этих соединений в ещё более стойкие продукты, например превращение легкорастворимых в щелочах гуминовых кислот в совершенно нерастворимые вещества каменных углей. 5 Вторая фаза проходит в анаэробных условиях, в формировании каменных углей в этот период микроорганизмы участия не принимают. 5