Цитоплазматические мутации оказывают следующее влияние на эволюцию растений:

• Увеличение нуклеотипического разнообразия среди генов, участвующих в фотосинтезе и энергетическом метаболизме. 1 Это обусловлено отбором и одомашниванием. 1
• Корреляция с ключевыми агрономическими и репродуктивными признаками. 1 Например, цитоплазматическая нуклеотипическая изменчивость может быть связана с ранним урожаем, устойчивостью к болезням и вредителям, повышенной продуктивностью. 3
• Цитоплазматическая мужская стерильность (ЦМС). 2 Проявляется в недоразвитии тычинок и пыльников или в образовании неполноценной пыльцы либо в её полном отсутствии. 2

Также к цитоплазматическим мутациям относится вариегатность — неспособность групп клеток синтезировать хлорофилл, что проявляется во внешних отличиях в виде узоров на листовой пластине. 5