Цианобактерии влияют на биоразнообразие фитопланктона и зоопланктона в водоёмах следующим образом:

Для фитопланктона цианобактерии могут приводить к значительным структурным изменениям в водных сообществах. 1 Цианобактерии становятся доминирующей группой, вытесняя другие виды водорослей. 12 Из сообщества выпадают диатомовые, динофитовые, золотистые, зелёные и другие водоросли. 1 В то же время увеличивается численность крупных эвгленовых водорослей, способных потреблять растворённые органические вещества. 1

Для зоопланктона развитие цианобактерий отрицательно сказывается на сообществе. 1 Это связано с тем, что зоопланктон в основном поедает мелкие водоросли, а при «цветении» водоёмов развиваются в основном колониальные формы, которые слабо потребляются зоопланктоном. 12 В результате в сообществе зоопланктона снижается плодовитость, уменьшаются размеры особей и их численность. 1 Крупные виды выпадают из сообщества, наблюдается преобладание мелких видов, которые не могут столь интенсивно утилизировать цианобактерий. 1

Кроме того, массовое развитие цианобактерий приводит к увеличению содержания в водоёме органического вещества, что может вызвать дефицит кислорода и привести к образованию в придонной зоне сероводорода и метана. 12