Метилирование ДНК защищает определённые последовательности от расщепления рестрикционными эндонуклеазами. 13

Метилазы «метят» специфические последовательности собственной ДНК, а чувствительные к метилированию рестрикционные эндонуклеазы узнают и расщепляют те из последовательностей, которые соответствующей метки не имеют, то есть чужеродную ДНК. 3

Например, последовательность проникшего в бактериальную клетку фага расщепляется в определённых сайтах специфическими эндонуклеазами, в то время как те же последовательности в собственной ДНК клетки защищены от расщепления, так как метилированы. 3