Горизонтальный перенос генов оказывает следующее влияние на понимание филогенеза:

• Может искажать информацию, необходимую для реконструкции филогении организмов и их связей друг с другом. 1 Например, если две отдаленно родственные бактерии обменялись геном, филогенетическое древо, включающее эти виды, покажет, что они тесно связаны, даже если большинство других генов существенно разошлись. 1
• Может помочь учёным реконструировать и датировать древо жизни. 1 Перенос генов может быть использован в качестве филогенетического маркера, а также как доказательство современности организмов-доноров и реципиентов, а также как след исчезнувшего биоразнообразия. 1

Кроме того, горизонтальный перенос генов придаёт филогенетическому древу вид сильно переплетённой сети. 2