Байкальская рифтовая зона влияет на формирование глубины озера Байкал следующим образом: она делает дно озера неоднородным, так как появилась из серии мелких разломов. 2 В результате озеро имеет как несколько небольших подводных хребтов, то есть мелководные участки, так и значительные глубоководные. 2

Кроме того, влияние рифтовой зоны выражается в формировании донных отложений. 2 В Южной и Центральной котловинах озера толщина отложений составляет 7–8 км, к восточному берегу мощность отложений уменьшается до 2 км, а в Северной котловине перепады наиболее существенны — от нескольких сотен метров до 3–4 км. 2

Также влияние рифтовой зоны проявляется в формировании горизонтальных и вертикальных течений на всех глубинах озера. 1 Это происходит из-за действия ветров, перепадов атмосферного давления, неоднородности плотности и температуры, влияния притоков и стока. 1