Образование Пангеи оказало следующее влияние на климат и экосистемы пермского периода:

• Изменение циркуляции морских течений. 3 Тёплые поверхностные океанские течения были отклонены в более высокие широты (районы ближе к полюсам). 2
• Обезвоживание внутренних территорий Пангеи. 1 Почти вся поверхность суши, за исключением прибрежных районов, была сильно обезвожена. 1 В центре суперконтинента обычным явлением стали пустыни. 1
• Адаптация растений к новому засушливому климату. 1 Существовавшая ранее вдоль экватора полоса влажных тропических лесов разрушилась, на смену ей во внутриконтинентальных регионах пришли растения бедных осадками, засушливых районов и пустынь. 3
• Вытеснение споровых растений. 4 Они отступили в долины крупных рек и более или менее влажные места. 4 В этих областях споровые растения активно вытеснялись более прогрессивными и более приспособленными к сухим климатическим условиям голосеменными растениями. 4